ま、ネットで探せばいろいろあるけど。
$hoge = '1234567890';
s/(\d{1,3})(?=(?:\d\d\d)+(?!\d))/$1,/g; とか
1 while $hoge =~ s/(.*\d)(\d\d\d)/$1,$2/; とか
1 while s/^([-+]?\d+)(\d\d\d)/$1,$2/; とか
s/\G((?:^[-+])?\d{1,3})(?=(?:\d\d\d)+(?!\d))/$1,/g; とか
負数を考慮する必要があるか
少数を考慮する必要があるか
などで、使い分けよ